Plateforme Taxonomie & Imagerie : MACROPHYTES – Microscopie
Responsable : Aurélie Blanfuné
Taxonomie & Imagerie
La plateforme Taxonomie & Imagerie regroupe deux composantes : MACROPHYTES (labellisée Plateforme Technologique de l’Université d’Aix-Marseille) et Microscopie.
Dans un contexte de changement global et d’érosion de la biodiversité, cette plateforme est un outil important d’investigation, d’aide à l’identification et à la compréhension du fonctionnement des écosystèmes marins, de l’échelle de l’individu à celle du groupe fonctionnel.
La plateforme permet d’afficher et d’augmenter le rayonnement de nos compétences en taxonomie (macrophytes, poissons, organismes marins, zooplancton et phytoplancton, procaryotes auto- et hétérotrophes), compétences rares et en tension pour lesquelles nous sommes reconnus nationalement et internationalement. Elle met à disposition des équipes du MIO et des autres unités/instituts de recherche, du domaine public ou privé, son savoir-faire, ses connaissances et ses compétences en taxonomie sur les macrophytes marins et le fonctionnement des écosystèmes marins ainsi que des compétences en imagerie. Des scientifiques, étudiants, gestionnaires, sociétés privées, associations peuvent être accueillis. Des expertises peuvent également être réalisées soit en collaboration soit en sous-traitance avec une facturation.
Pour plus de renseignements, n’hésitez pas à nous contacter !
MACROPHYTES
Dans le fonctionnement des écosystèmes marins, le compartiment végétal a un rôle central pour l’ensemble des services écosystémiques côtiers. La gestion et la conservation de ces écosystèmes et des services associés dans un contexte de changement global sont des enjeux essentiels pour les prochaines décennies.
Ce compartiment algue est le pendant des écosystèmes forestiers terrestres. MACROPHYTES est reconnue localement, nationalement et internationalement aussi bien dans le monde académique que socioéconomique pour les collections qui y sont présentes ainsi que pour les connaissances et les expertises du personnel impliqué comme par exemple la taxonomie des Macroalgues, la conservation du patrimoine, la conservation et le fonctionnement écosystémiques des écosystèmes benthiques côtiers à dominance végétale (macroalgues et Magnoliophytes) au regard des impacts anthropiques et les travaux d’écologie rétrospective.
MACROPHYTES est une structure agréée (Index Herbariorum, code HCOM) de dépôt obligatoire d’échantillons référencés de travaux scientifiques (taxonomie, biogéographie, biologie moléculaire, biochimie), labellisée Plateforme Technologique de l’Université d’Aix-Marseille depuis janvier 2024. Elle est soutenue par le service patrimoine scientifique de l’Université d’Aix Marseille et est membre du GDR e-Recolnat.
La MACROPHYTES est composée :
- d’une bibliothèque qui regroupe des centaines de milliers d’ouvrages et de documents dédiés aux macrophytes depuis le 18ème siècle, à la biologie et à l’écologie marine. Plus de 300 000 entrées y sont présentes.
- d’une importante collection de macrophytes marins. Cette collection est la troisième plus importante de France (~40 000 spécimens), et regroupe des collections du 19ème aux 21ème siècles. Chaque planche d’herbier est indexée à la base de données mondiale Index Herbariorum depuis juin 2009 (code HCOM). Les collections historiques contiennent de nombreux spécimens identifiés par les auteurs des espèces eux-mêmes. Ces spécimens constituent des échantillons de référence de premier ordre.
- d’une base de données chorologiques géoréférencées (Base EMMA) regroupent plus de 4 000 localisations historiques et récentes de macrophytes.
- d’un microscope et d’une loupe binoculaire déportée, équipée tous deux de caméra pour la détermination taxonomique
- Et surtout des connaissances et des expertises du personnel impliqué dans la plateforme : phycologie, magnoliophytes marines, taxonomie (morphologie, anatomies et outils moléculaires), analyse de données géoréférencées, fonctionnement des écosystèmes benthiques.
Microscopie
Le Volet Imagerie Microscopie offre des ressources pour diverses techniques de microscopie comme par exemple pour le marquage et la quantification des activités individuelles en épifluorescence ainsi que l’analyse élémentaire (via la microscopie électronique) du plancton nécessaire à la compréhension des cycles biogéochimiques et du fonctionnement des écosystèmes marins. Les points forts sont d’apporter une expertise taxonomique et des compétences techniques en microscopie et en analyse d’images, avec notamment un panel d’instruments dédiés à l’imagerie automatisée.
Elle est équipée :
- d’un parc de loupes binoculaires
- de microscopes droits et inversés, confocales et électroniques à Balayage dont un Phenom Pro X équipé d’un système d’analyse chimique et d’un métalliseur
- des automates FlowCAM et ZooScan
Ce volet Microscopie :
- met à disposition tous les instruments recensés et apporte conseils et accompagnement.
- favorise les contacts entre utilisateurs et permet de développer des collaborations.
- forme les utilisateurs aux bonnes pratiques des appareils pour une utilisation autonome.
- permet l’acquisition de résultats scientifiques en océanographie biologique, ainsi que la formation des étudiants et des personnels. Une exploitation scientifique et technique raisonnée des instruments est garantie conformément à sa charte de fonctionnement et d’utilisation qui doit être signée par tout utilisateur.
