10 February 2022
At the moment, the laboratory is working day and night: Rosette, Marine Snow Catcher, Plankton Net, Colonisers, Sediment Trap... The teams have been very efficient, albeit at the cost of their sleep.
We'd love to share everything with you in real time, but the connection at sea and the pace on board mean you'll need to be patient!
Marine Snow Catcher (MSC)
Marine snow fascinates... and as a result, the MSC doesn't get much rest! Neither do the teams... Sampling is carried out day and night at different depths to obtain as much data as possible on the particles.
Pauline s’exerce au laboratoire à travers ces protocoles de prélèvement aux cotés de Marc, Chloé, Sophie et Najib.
Pour rappel, le MSC permet de capturer 100L d’eau dans une zone souhaitée et sépare ensuite les particules en fonction de leur vitesse de chute. Après décantation, trois parties sont différenciées : les suspendues (qui flottent), les slow sinking (qui coulent doucement) et les fast sinking (qui coulent rapidement au fond). La vitesse de chute des particules dépend de leur densité.
L’équipe s’intéresse aux bactéries qui vivent sur la neige marine. Ils aimeraient décrire les communautés bactériennes associées aux particules selon leur vitesse de chute pour mieux comprendre la pompe biologique de carbone qu’elles représentent.
Grâce au MSC, ils peuvent prélever des échantillons des bactéries présentes sur les particules d’un étage de la colone d’eau (suspendues, slow sinking, fast sinking).
So do these grigris work?
L’équipe s’occupe des trois parties : suspendues, slow sinking et fast sinking ; en appliquant à chaque fois la même méthode.
Ils font passer la quantité d’eau concernée dans une pompe qui diffuse doucement l’eau à travers des filtres de mailles différentes. Les particules sont filtrées selon leur taille ce qui permet d’obtenir un deuxième échantillonnage. Les particules de neige marine peuplées de micro-ogranismes seront étudiées au labo du MIO à Marseille.
Les chercheurs tenteront d’identifier les espèces bactériennes présentes dans les couches de particules à l’aide de leurs gènes. Pour cela, les bactéries seront lysées (cassées), et seul leur matériel génétique sera conservé. Une fois extrait, l’acide nucléique (ADN, ARN) sera comparé aux gènes répértoriés dans une banque de données qui conserve les archives génétiques de micro-organismes déjà étudiés.
Les bactéries sont d’une part définies par des gènes communs au monde bactérien et d’autre part par des gènes plus spécifiques, communs à une espèce de bacterie. Les chercheurs se serviront de ce dernier repère pour les identifier !
The luck that emanates from Chloé's grigris may lead them to discover bacterial species that have never been described before!
Sediment Trap
Ce drôle d’outil fait partie de la panoplie de nos microbiologistes océanologues à bord. C’est un piège à particules qui, tout comme le Marine Snow Catcher, permet d’échantillonner des particules dans l’eau. Seulement, il ne prélève pas une zone de l’eau, mais il capture les flocons de neige marine durant leur chute. Le sediment trap est immergé à la profondeur voulu et laissé le nombre d’heures souhaitées. Il retient les particules de neige marine dans leur descente à l’intérieur de ces 4 tubes (photo).
Chloé a ingénieusement développé un gel pour piéger les particules. Elle en dispose une tranche dans chacun des tubes avant leur immersion, et les particules atterrissent naturellement dessus. Une fois qu’elles ont pénétré dans le gel, elles sont capturées! Ce gel a des propriétés chimiques qui figent toute activité biologique des micro organismes et Chloé peut ainsi récupérer les particules une par une et les étudier séparément.
Contrairement aux études qui suivent le Marine Snow Catcher, celle-ci permet d’étudier la communauté bactérienne présente sur chaque particule de neige marine prélevée.
The Nautile still in action
Les équipes à bord du navire ne s’arrêtent pas, il en va de même pour les équipes du Nautile sous l’eau ! Les missions sur le site EMSO-LO se poursuivent tant que la houle le permet.
Des infrastructures du fond nécessitent encore d’être déplacées, branchées ou déployées. La mise à l’eau des appareils n’est qu’une première étape dans leur mise en place.
Les opérations du Nautile sont longues et minutieuses, mais jusqu’ici guidées par le succès !